Kukkian fosforipitoisuudet ovat korkeimpia Rautajärven ja Kortteenpohjan suunnalla
ELY-keskus on seurannut Kukkian vedenlaatua tehostetusti vuodesta 2017 alkaen. Lahtialueilta on otettu maaliskuun puolivälissä vesinäytteet metrin syvyydestä. Talvella arvot ovat vakaampia kuin kesällä, jolloin tuuli voi aiheuttaa nopeitakin ravinnepitoisuuden vaihteluita järven eri osissa. Kesällä erityisesti suljetuimmissa lahdissa fosforipitoisuudet voivat olla kaksin- tai kolminkertaisia talviarvoihin verrattuna.
Havaintopisteiden fosforipitoisuuksissa ei ole suurta vaihtelua vuosien välillä. Esimerkiksi Kuohijoen edustalla Lehtisaarenselällä fosforipitoisuus on ollut joka talvi 5–8 milligrammaa kuutiometrissä ja Padankosken edustalla Leppänällä 9–12 milligrammaa kuutiometrissä.
Korkeimmat fosforipitoisuudet vuodesta toiseen on mitattu Rautajärven Pihtisalmessa (21–26 mg/m3), Läyliässä (19–25 mg/m3) ja Kortteenpohjassa (22–35 mg/m3).
Selkävesillä fosforimäärä jää yleensä alle 10 milligrammaan kuutiometrissä. Kukkian tilaa parantaa se, että järvi saa suuren osan vedestään kirkasvetisestä Kuohijärvestä.
Freshabit-hanke on tutkinut vuodesta 2017 alkaen Kukkiaan laskevien ojien ravinnepitoisuuksia kevään sulamisvesien aikaan. Ojanäytteiden perusteella runsaasti ravinteita kertyy myös muutamille muille lahdille. Ravinnevalumia pienennetään huuhtoutumista ja kulkeutumista vähentävillä kunnostustoimilla, joita saatiin vireille maanomistajien aamukahveilla.